1906年，大清国为一场注定空前、甚至可能绝后的政改，确定了主攻方向。
　　在对“官制”所存在的弊病，进行了深入的剖析之后，体制内的改革者们，分别为中央和地方机构的改革，开出了药方。根据中央对政改的安排，先实行中央机构改革，而后是地方机构改革。

中央改制

　　机构改革的主导者，就是出洋考察的戴鸿慈与端方。
　　对于中央“官制”存在的问题，戴、端建议，应该推行“责任内阁之制以求中央行政之统一”。
　　至于中央各部主任官与辅佐官之间的权责不清，“定为一大臣，一次官，大臣负阁臣之责成，次官综一部之庶务。其次则如商、学、警三部成例，设一尚书、两侍郎，不置管部，以尚书为主任官，而侍郎为之辅佐，受其指挥。更设压参各官，划定职权。”
　　戴、端还同时建议，在内阁之外，增设“会计检查院”（审计）、“行政裁判院”（受理行政诉讼）、“集议院”（议会的雏形）、“都裁判厅”（最高法院）等独立机构。
　　甚至，他们还考虑到了原有之大学士及各部裁缺之大员的去除，可组建“枢密院”，作为中央顾问委员会，安置老干部们，以换取他们对改革的支持。
　　根据这一设想，中央机构将由原先的六部及刚刚设立的巡警部，重新组合，建立九个部：
　　一、新设立的巡警部改为“内政部”，将原来由户部主管的户口、工部主管的工程，合并在内；
　　二、将户部改为“财政部”，执掌国税、关税、货币、国债、银行以及田赋；
　　三、成立于1901年的“外务部”，因“法制略具”而不予更动；
　　四、将兵部改为“军部”，并将“练兵处”归并入内，统筹全国军政；
　　五、将刑部改为“法部”“各省执法司、各级裁判所及监狱之监督皆为本部分支”，这等于是将司法系统垂直领导；
　　六、“学务部”也因“法制略备”，继续保留不改；
　　七、设立“商部”，主管农工商，此三者“为富国之本源，各国皆设立专部，中国农工诸学尚未讲求，将农工诸事暂归已设之商部管辖，日后再议增设”；
　　八、设立“交通部”，将轮船、铁路、电报、邮政等事务都纳入其间；
　　九、参考西方做法，改理藩院为“殖务部”，“凡东三省、蒙古、青海、新疆、西藏开拓之政策，皆于是统焉”。而在该部下，专设“海外殖民局”，保护海外华侨。

三大原则

　　戴鸿慈与端方的方案，得到高层的广泛关注和认可。作为大清国政改领导小组的秘书处，以庆亲王为首、袁世凯为主的“官制编制馆”，在《厘定中央各衙官制缮单进呈折》中，基本吸纳了戴、端的意见，针对中央机构改革，提出了三条原则：
　　一、“分权以定限”。立法、行政、司法三权中，除了立法因议会尚未成立，拟暂设资政院以为预备外，行政与司法均可立即改革。
　　二、“分职以专任”。此即调整中央机构的设置，取消原先的六部九卿制度，改设十一部。按顺序，分别是1）外务部、2）吏部、3）民政部、4）度支部、5）礼部、6）学部、7）陆军部、8）法部、9）农工商部、10）邮传部、11）理藩部。各部尚书只设一人，侍郎只设二人。
　　三、“正名以核实”，即中央各部委重新命名。在参考了戴、端方案之后，“官制编制馆”提出，“巡警为民政之一端，拟正名为民政部。户部拟正名为度支部，以财政处、税务处并入。兵部徒拥虚名，拟正名为陆军部，以练兵处、太仆寺并入，而海军部暂隶焉。既设陆军部，则练兵处之军令司宜正名为军谘府，以握全国军政之要枢。刑部为司法之行政衙门，徒名曰刑，义有未尽，拟正名为法部。商部本兼掌农工，拟正名为农工商部。理藩院拟正名为理藩部。太常、光禄、鸿胪三寺，同为执礼之官，拟并入礼部。工部所掌半已分隶他部，而以轮、路、邮电并入，拟改为邮传部。”

责任内阁

　　在中央机构改革中，无论是戴鸿慈与端方的初始方案，还是庆亲王、袁世凯以“官制编制馆”提交的正式方案，都把实行内阁制、裁撤军机处，作为重点。
在戴、端的方案中，提出裁撤军机处，归并到内阁中，设立总理大臣一人，兼充大学士，为其首长。
　　军机处的设立，本是一种超常规的做法，这个“三无”机构（无编制、无定员、无预算），名义上仅仅是皇帝的临时秘书机构，却实际上褫夺了内阁的权力，造成了中国特色的机构名实不符现象。
　　这一思路，得到了“官制编制馆”的接受，其正式方案就是：一方面加强内阁的行政集权，另一方面分割了数千年来一权独大的行政权，将其中的司法权剥离，并将在今后进一步剥离立法权。同时，“官制编制馆”也明确提出，将“军机大臣”都改为“办理政务大臣”，各部尚书均为“参预政务大臣”。显然，这是主张废除军机处的。
　　1906 年 11 月 7 日，中央正式公布了《内阁官制及办事章程》，基本认可了“官制编制馆”提交的方案。吊诡的是，中央虽然认可了责任内阁制，却并未同意取消军机处，而是认为：“军机处为行政总汇，雍正年间本由内阁分设，取其近接内廷，每日入值承旨，办事较为密速，相承至今，尚无流弊，自毋庸复改。其各部尚书，均著充参预政务大臣，轮班值日，听候召对。”
　　对此，时人和后人多作为晚清假立宪的证据。当时的媒体却有如此认知：
　　“说者谓此次厘定官制，原以预备立宪，而立宪国之内阁，实为行政之总机关。盖以一国政事，至为殷繁，非有分司之官以各任其责，则丛脞必多。而庶政之行，尤贵画一，非有合议之地以互通其情，则纷歧可虑。故其中央政府，即会合各部行政长官而成，名曰内阁，其制本甚善也。今乃仍设军机处，而罢设立内阁之议，得毋于预备立宪之道相背驰乎？虽然，是无妨也，有其名而无其实，何如求其实而异其名。
　　“……是则军机处之名，虽异于内阁，而各部尚书，出则为各部长官，入则为参预政务大臣，与外国内阁官制，基精神固无异也。所差者，彼设总理大臣一人，故得事权专一之功，而吾则有四军机，虑滋推诿之弊耳。然诚能顾名思义，协力同心，秉承圣谟，翊赞机务，则厘百工熙庶绩之效，未必不可于此收之。矧法度非一成不变之物，察运会之所趋，循秩序以渐进，随时修改，俾臻至善，当议会未设以前，吾不得不有望于政府诸公矣。”（《立宪纪闻》《东方杂志》1906年临时增刊《宪政初纲》）
　　有其名而无其实，何如求其实而异其名，这正是体制内改革者所追求的。但是，在一个政治大跃进的年代,如此务实做法能被多少人接受呢？