1906年政改，与中央国家机关的改革并重的，是地方政府的全面改革。
　　在政改的主要推行者戴鸿慈、端方看来，地方官制存在三个主要问题：一是“官署之阶级太多”；二是“辅佐之分职不备”；三是“地方之自治不修”。
　　对于地方官制，体制内的改革者，提出了一系列的方案。

州县本亲民之官

　　在光绪眼中，地方官制改革的主要目标，在于整顿吏治、疏导民气。

　　最高层十分关注地方官制的改革，甚至高于对中央官制改革的关注，因为，中央官制改革，涉及的是“管官之官”，而地方官制改革，涉及的是“管民之官”，直接关系到官民关系、甚至政权的稳定。
　　光绪皇帝在下发地方官制改革讨论稿的谕旨中，指出：“方今民生重困，皆因庶政未修。州县本亲民之官，乃往往隔阂，诸事废弛，闾阎利病，漠不关心，甚至官亲幕友，肆为侵欺，门丁书差，敢于鱼肉，吏治安得不坏？民气何由而伸？言念及此，深堪痛恨。”对于地方吏治的败坏，切齿之情溢于言表。
　　在光绪眼中，地方官制改革的主要目标，在于整顿吏治、疏导民气。相比此前每次运动式的整顿吏治，这次强调的是“增改佐治员缺、审定办事权限”等技术细节，无疑更为理性和现实。
　　针对地方官制存在的三大问题，作为官制改革主导者的戴鸿慈、端方，提出的建议是：
　　一、实行扁平化的行政层级，提高行政效率。除盐、粮、关、河等各有专责的道以外，其他“守道及知府、直隶州两级悉行裁去，而以州县直隶于督抚”，形成三级制：省为第一级，州县为第二级，乡为第三级，取消类似于如今的“地级市”的这个层级，州县直属于省。同时，提高州县品秩，大县进为府，长官称知府，秩正四品；中县进为州，长官称知州，秩正五品；小县称县，长官称知县，秩从五品。
　　二、在省县两级增加辅佐官，便于地方行政长官抓大放小，避免胥吏专权，同时，推行司法独立。省一级设民政、执法、财务、提学、巡警、军政、外交、邮递八司，除执法司为司法官、军政司应直隶中央，不入行政范围外，其余六司皆为“督抚之最高辅佐官”，司下设局。州县一级，可设立内务、警务、收税、监狱四部，部下设课。这样的思路，基本延续至今。
　　三、推行民意代表参与立法。立法机构在县、乡两级成立“议事会”，各县议员中再选出省议会议员，“使立法机关草创成立”。这实际上是要通过农村基层民主，自下而上推行宪政。
　　这些建议，基本被中央所接受，下发给各省讨论。
　　编制局发给各省的电文中，阐述了地方官制改革的思路，明确指出，减少“管官之官”、强化“管民之官”，是这一改革的原则。并指出，地方官制的改革就是要“明权限，去隔阂，通朝野之情谊，专官吏之责成，期有合于立宪国行政机关之制”。
　　相比戴、端的建议，中央下发讨论的草案中，对司法独立的操作颇有着墨：“别设地方审判厅，置审判官，受理诉讼。并画府州县各分数区，每区设谳局一所，置审判官，受理细故诉讼，不服者，方准上控于地方审判厅。”

省级改革两种选项

　　吊诡的是，地方诸侯中，最有实力的袁世凯对这个方案没有表态，而张之洞则几乎全盘否定了这个方案。

　　对于省级机关的具体改革，中央提供了两种方案供督抚们讨论。
　　第一种方案，是设立“行省衙门”，要求督、抚、藩（藩司，主管财政）、臬（臬司，主管司法）等合署办公，每天会议，集体决策，以提高行政效率。州县归于省级直管。同时，司法审判与行政剥离，各省设“高等审判厅”，置审判官，受理上诉案件。
　　第二种方案的改革的力度要小得多。这个方案基本保持了既有的官制，只是在对于不同岗位的职责更予以明确，“以专责成而清权限”：“以督抚经管外务、军政，兼监督一切行政、司法；以布政使专管民政，兼管农工商；以按察使专管司法上之行政，监督高等审判厅；另设财政司，专管财政，兼管交通事务，秩视运司；均设属官，佐理一切。此外学、盐、粮、关、河、司道，仍旧制。以上司道，均按主管事务，禀承督抚办理，并监督各该局所。”
　　这两种方案，表面上的区别，在于省级班子是否“合署办公”，以及是否推行司法独立。第一种方案，“行政司法，各有专职，文牍简一，机关灵通，于立宪国官制，最为相近。” 但是，督抚之权会被大大分解。第二种方案，改动较小，但要求对不同岗位“专责成而清权限”，实际上也会削弱督抚此前几可一手遮天的权力。自太平天国运动以来，地方坐大，强枝弱干，正是中央的心腹之患，改革地方官制，“朝廷之意，欲裁抑督抚之权限”。
　　虽然在原则上，各省督抚并不反对改革，但是，一旦改革牵涉到中央与地方的关系，尤其是要压缩地方权力、加强中央集权，他们就变得相当的谨慎，甚至相当的保守。在戴鸿慈和端方的最初提议中，对于中央与地方权限不分的问题，曾提出解决之道在于综合日本式集权体制与美国式分权体制之长，并不刻意赞同中央集权。
　　这一建议，得到大多数地方大员的认可，赞同应该先解决中央与地方权限不明、责任不清的问题，以免中央继续对地方的不当干预与掣肘。也因此，在中央与地方关系解决之前，对于地方官制改革，他们所表现的热情，远不及针对中央官制的改革。
　　讨论稿下发之后，各省的表态并不一致。
　　对于改革的必要性，各省并不反对，但大多数都反对立即推行司法独立，理由基本是一无司法人才、二无足够经费；大多数人也反对立即推行地方自治、建立地方议会，理由则集中于民智未开，一旦推行，反而被地方乡绅把持。
　　对于行政机构调整的两个选项，统计下来，“大抵主第二层办法者，多于第一层；主第二层办法而请缓行者，多于速行；以编制局两层办法为是，而以财力不足程度未及为言者，尤居多数。”有意思的是，表态的速度，与其对方案的赞同程度成正比，“电复速者，必赞成之意多而反对之意少；电复愈迟者，必反对之意多而赞成之意少；电复之词愈长者，则其反对也愈力；平日不得志于政府，而欲乘此得政府之欢心者，其反对也亦愈力；前此不得与闻立宪之事而素负开通之名者，则其反对也亦愈力。”
　　吊诡的是，地方诸侯中，最有实力的袁世凯对这个方案没有表态，而张之洞则几乎全盘否定了这个方案。对于戴鸿慈、端方方案中的几乎各条，如裁撤知府（地级市）、增加佐治、推行司法独立及地方自治等，张之洞都予以坚决反对，明确提出“旧制暂勿多改”。他担心，如果督抚无权过问案件，地方议会被劣绅把持，可能导致“乱党布满天下，羽翼已成，大局倾危，无从补救”。
　　围绕着地方官制，一场博弈在体制内展开了……